Bangunan utama masjid yang berdiri diatas tanah seluas tiga hektar itu, merupakan salah satu bangunan bersejarah yang dibangun pada masa pemerintahan Presiden Soekarno. Gagasan awal dibangunnya masjid megah ini ketika sekumpulan tokoh Islam mendirikan yayasan yang bertujuan mendirikan masjid agung dengan nama Masjid Istiqlal di Jakarta.
Kata Istiqlal sendiri berasal dari bahasa arab yang berarti kemerdekaan. "Kata ini dipakai sebagai rasa syukur kaum muslimin kepada Allah atas anugerah kemerdekaan setelah mengalami masa penjajahan yang cukup panjang" ujar pegawai bagian Penerangan Masjid Istiqlal, Siregar saat ditemui di ruangannya. Pada tahun 1955, diadakan sayembara oleh yayasan tersebut untuk memilih desain bangunan megah ini. Dari 27 desain, panitia sepakat untuk memilih satu desain dengan nama sandi "ketuhanan" buatan arsitek, F Silaban.
F Silaban pada masa itu merupakan arsitek terkenal di Indonesia. Selain Istiqlal, karya lainnya yang masih menghiasi ibukota adalah desain gedung BI. Kemudian, masjid ini mulai didirikan pada tahun 1961 dan baru selesai pada tahun 1978. Berawal pada masa Presiden Soekarno dan diresmikan penggunaannya pada masa presiden Soeharto.
Setelah memakan waktu pembangunan masjid sekitar 17 tahun, maka berdirilah masjid dengan luas 3 hektar ini di tanah seluas 9,5 hektar. Bangunan ini terdiri dari sebuah bangunan masjid, taman, halaman parkir, kolam air mancur serta sungai yang mengelilingi areal parkir masjid. Bangunan masjid terdiri dari gedung utama, gedung pendahuluan, teras raksasa, menara dan lantai dasar.
Gedung induk terdiri dari lantai utama yang berfungsi untuk shalat dengan kapasitas 16.000 orang dan pada samping kiri, kanan serta belakang terdapat lantai bertingkat lima yang dapat menampung jamaah sebanyak 61.000 orang. Gedung ini memiliki 12 pilar besar sebagai simbol tanggal kelahiran Nabi Muhammad SAW. Pilar-pilar tersebut menyangga sebuah kubah raksasa yang memiliki garis tengah 45 meter. Di belakang gedung induk terdapat gedung pendahuluan yang berfungsi sebagai penghubung ke lantai atas. Selain itu juga, dapat berfungsi untuk shalat 8.000 jamaah.
Selain dua gedung ini, Masjid Istiqlal juga mempunyai teras ukuran raksasa berukuran 19.800 meter persegi yang dapat menampung sekitar 50.000 jamaah. "Di teras ini dapat digunakan untuk berbagai kegiatan keagamaan, seperti Musabaqah Tilawatil Quran dan latihan Manasik Haji" ujar Siregar yang telah bekerja di masjid Istiqlal sejak tahun 80an. Sementara itu, menara mesjid yang berfungsi sebagai tempat pengeras suara dirancang berlubang-lubang untuk mengurangi tekanan dan hembusan angin. Menara ini memiliki ketinggian sekitar 6.666 sentimeter.
Di atas tempat adzan adalah puncak menara yang terbuat dari baja tahan karat seberat 28 Ton dengan tinggi 30 meter. Sedangkan lantai dasar berada di bawah gedung induk, gedung pendahuluan dan teras raksasa. Di lantai dasar tersebut, terdapat ruangan kaca luas yang pernah digunakan untuk Festival Istiqlal pertama dan kedua pada tahun 1991 dan 1995.
Selain itu, terdapat puluhan ruangan yang terdiri dari dua aula dan beberapa perkantoran. Aula ini berfungsi sebagai tempat diskusi ilmiah dan pertemuan. Hingga saat ini, bentuk bangunan masjid tidak berubah sejak dibangun pertama kali. Setelah 31 tahun secara resmi dipergunakan, masjid Istiqlal yang lokasinya berdekatan dengan Monas dan lapangan Banteng ini masih menjadi tujuan kunjungan wisatawan baik lokal maupun mancanegara.
"Beberapa tokoh luar negeri yang pernah mengunjungi masjid ini diantaranya adalah Pangeran Charles, mantan presiden USA Bill Clinton dan presiden Libya Muammar Khadafi"